При входе в панель ISPManager под пользователем root, в меню просто отсутствует какой-либо пункт, связанный с настройками SSL.
Весь секрет в том, что нужно действовать от имени пользователя, под которым размещен домен. Для этого нам нужно под root пользователем войти в меню "Пользователи"
Далее выбираем пользователя и в верхнем меню нажать "Изменить"
Теперь в параметрах пользователя нам нужно изменить его права и добавить важный для нас пункт SSL
Снова возвращаемся в меню "Пользователи", видим в параметрах подключенный SSL, и в верхнем меню выбираем "Войти"
После чего мы увидим заветный пункт для настройки сертификата.
Входим в этот раздел и нажимаем "Создать"
В появившемся окне необходимо ввести полученные при регистрации сертификата данные, согласно полученным инструкциям.
Вот и все настройки!
Осталось только подключить сам сертификат для домена.
Для этого возвращаемся в учетную запись root
Входим в меню "WWW домены", выделяем домен и в верхнем меню нажимаем "Изменить"
В появившемся окне включаем SSL и жмём ОК. Вот теперь сертификат подключен для выбранного домена, ваш сайт официально стал безопасен и готов работать по протоколу https.